Agirien Kudeaketa eta Artxibo Nagusia izeneko administrazio unitatea da Unibertsitatearen dokumentu ondarearen antolamendua, erabilerraztasuna, tratamendua eta zabalkundea bermatzeko arduraduna.  Halaber, unitate hori da administrazio prozedurak normalizatzeko eginkizuna duena, eta Artxibo Batzordearen bitartez betetzen du eginkizun hori.

Artxiboan gordetzen dira Nafarroako Unibertsitate Publikoa sortu aurretik Nafarroan zeuden eskola profesionaletan eta unibertsitate eskoletan zeuzkaten dokumentuak.