Bere II. Plan Estrategikoa (2005-2008) garatzeko, eta bere jardueren kalitatearekin eta etengabeko hobekuntzarekin erabat konprometituta dagoen instituzioa den aldetik, Kalitatea Bermatzeko Barneko Sistema (KBBS) diseinatu zuen NUPek 2008an;  sistema hori ikasketa-plan berrien parte zen, 1393/2007 Errege Dekretuak planteatzen zuen bezala.

Hasiera batean, KBBSa graduko eta masterreko titulazioentzat diseinatu zen, baina eguneraketak izan ditu sortzen joan diren esparru arautzaile berrietara egokitzeko. Ildo horretatik, 99/2011 Errege Dekretuan ezarritakoari erantzunez, KBBSa egokitu egin da doktoretzako ikasketak barne hartzeko.

KBBS sendo bat egoteak aukera eman du ANECAk graduko, masterreko eta doktoretzako titulazio guztietan egindako kanpo ebaluazioetan emaitza positiboak lortzeko (hasierako egiaztapenak, aldaketak, bitarteko jarraipenak eta akreditazioen berritzeak). Gainera, urteak joan ahala Kalitatearen nazioarteko zenbait zigilu lortu dira, hala nola Informatikako EUROINF Zigilua, Ingeniaritzako EUR-ACE® Zigilua eta Enplegagarritasuneko eta Ekintzailetzako Zigilua (2024ko abendua).

2020an, KBBS heldua eta erabat finkatua izanik, Unibertsitateak apustu irmoa egin zuen bere ikastegien akreditazio instituzionalaren alde. Hala, V. Plan Estrategikoaren bidez (2020-2023), eta hark hartzen zuen epean, graduko eta masterreko ikastegi guztien akreditazio instituzionala lortu zuen.

2024an, ANECAren Doktoretza Eskolen Akreditazio Instituzionalaren Eredua argitaratuta, NUPek gainerako ikastegiekin hasitako bideari jarraitu zion, eta NADOE bere doktoretza-eskola aurkeztu zuen akreditazio instituzionala lortzeko. Horri esker, NADOE mugarri garrantzitsu hori lortu duen Espainiako lehen doktoretza-eskoletako bat izan da.