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En desarrollo de su II Plan Estratégico (2005-2008), la UPNA, como institución plenamente comprometida con la calidad y la mejora continua de sus actividades, puso en marcha en 2008 el diseño de un de un Sistema de Garantía Interna de la Calidad (SGIC) como parte de los nuevos planes de estudios, tal y como planteaba el Real Decreto 1393/2007.
El SGIC, inicialmente diseñado para las titulaciones de Grado y Máster Universitario, se ha ido actualizando para ajustarse a los nuevos marcos regulatorios que han ido surgiendo. Así, en respuesta a lo establecido en el Real Decreto 99/2011, el SGIC se adapta para acoger a los estudios de doctorado.
La existencia de un SGIC sólido ha permitido obtener resultados positivos en las evaluaciones externas realizadas por la ANECA en todas las titulaciones de Grado, Máster y Doctorado (verificaciones iniciales, modificaciones, seguimientos intermedios y renovaciones de las acreditaciones). Además, a lo largo de los años se han obtenido varios Sellos Internacionales de Calidad como el Sello EUROINF de Informática, el Sello EUR-ACE® de Ingenierías, o el Sello de Empleabilidad y Emprendimiento, en diciembre de 2024.
En 2020, con un SGIC maduro y plenamente consolidado, la Universidad hace una apuesta decidida por la acreditación institucional de sus Centros. Así, de la mano de su V Plan Estratégico (2020-23) y en el periodo que éste abarca, logra la acreditación institucional de todos sus Centros de Grado y Máster.
En 2024, con la publicación del Modelo de Acreditación Institucional de Escuelas de Doctorado de la ANECA, la UPNA sigue la senda emprendida con el resto de sus centros y presenta a su Escuela de Doctorado, EDONA, para la obtención de la acreditación institucional. Este hecho posicionará a la EDONA como una de las primeras escuelas de doctorado en el ámbito nacional en alcanzar este importante hito.