Los Institutos y Centros de Investigación son estructuras de investigación amplias para favorecer la comunicación, interrelación y trabajo conjunto de investigadores, cuyo objetivo es generar conocimiento sobre la base de un nivel alto de exigencia académica en la configuración y composición de estos Institutos, a la vez que promover su transferencia efectiva a la sociedad y al sector productivo.

Institutos de Investigación:

• Instituto de Investigación de Smart Cities (ISC)
• Instituto de Investigación en Materiales Avanzados y Matemáticas (INAMAT2)
• Instituto de Investigación Avanzada en Negocios y Economía (INARBE)
• Instituto de Investigación en Innovación y Sostenibilidad en la Cadena Agroalimentaria (IS-FOOD)
• Instituto de Investigación Social Avanzada (I-COMMUNITAS)
• Instituto de Investigación Multidisciplinar en Biología Aplicada (IMAB)

Centros de Investigación:

• Navarrabiomed. Centro mixto de investigación biomédica.

Alianzas estratégicas de Investigación:

• IDISNA. Instituto de Investigación Sanitaria de Navarra
• NAITEC. Centro Tecnológico especializado en movilidad y mecatrónica de Navarra.