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Jokin Aginaga García se licenció en Ingeniería Industrial, intensificación en Mecánica, en la Universidad Pública de Navarra en el año 2004. Tras recibir una Beca del Gobierno de Navarra, obtuvo el Diploma de Estudios Avanzados en el año 2007. Posteriormente, obtuvo el Doctorado por la Universidad del País Vasco en 2011.
Desde el año 2006, ha trabajado como Profesor Ayudante, Asociado, Sustituto de la Docencia y actualmente como Profesor Contratado Doctor en el Departamento de Ingeniería de la Universidad Pública de Navarra, impartiendo clases de Mecánica, Teoría de Máquinas y Cálculo y Diseño de Máquinas. También ha dirigido varios Proyectos Fin de Carrera y Trabajos Fin de Grado/Máster.
Es miembro del Grupo de Investigación en Ingeniería Mecánica Aplicada y Computacional (IMAC) y sus líneas de investigación son principalmente la cinemática y dinámica de manipuladores paralelos, así como el análisis de rigidez y de holguras de este tipo de mecanismos. Ha publicado 14 artículos en revistas científicas indexadas en el Journal Citation Reports y también ha realizado numerosas contribuciones en congresos en el campo de la Ingeniería Mecánica. Ha participado como Investigador colaborador en un Proyecto Europeo FP-7, así como en varios proyectos de I+D financiados en convocatorias públicas y numerosos contratos de I+D con empresas.
Dentro de la universidad se ha implicado en diversas labores de gestión, habiendo sido subdirector del antiguo Departamento de Ingeniería Mecánica, Energética y de Materiales, así como del actual Departamento de Ingeniería. También ha sido coordinador del Área de Ingeniería Mecánica y ha formado parte de la Comisión Académica del Máster en Ingeniería Industrial. Actualmente es Responsable de Calidad del Máster en Ingeniería Mecánica Aplicada y Computacional.
En lo que respecta a la gestión institucional, ha sido durante 4 años (2019-2023) Director del Área de Estudiantes dentro del Vicerrectorado de Estudiantes, Empleo y Emprendimiento.