NUPeko irakasle eta ikertzaileek batez ere sailen eta ikerketa-taldeen bidez gauzatzen dute ikerketa, eta Gobernu Kontseiluak urtero onesten du talde horien katalogo eguneratua. Gobernu Kontseiluari ikerketa-politikaren ildoak, ikerketa-taldeak eta unibertsitateak berak egiten dituen laguntza deialdiak proposatzen dizkion organoa da Ikerketa Batzordea. NUPeko ikerketa-jardueren kudeaketaz arduratzen den NUPeko administrazio-unitatea da Ikerketa Zerbitzua.
Laguntzak
Laguntzen eta Deialdien Atalaren bidez, behar diren Ministerioen, Nafarroako Gobernuaren eta beste erakunde batzuen deialdi publikoen zabalkundea egin, eta haiei buruzko aholkua ematen du, eta, bestetik, eskaerak, laguntzak emateko erabakiak eta erabaki horien arrazoiak tramitatzen ditu. Ikerketa-taldeei, doktoretza aurreko eta doktoretza ondoko laguntzei eta beste laguntza batzuei buruz Unibertsitateak egindako deialdiak ere kudeatzen ditu, Ikerketa Batzordeak eskatuta.
Dokumentuak transferitzea
Jakintza Transmititzeko Atalaren bidez, honako hauek sustatu eta kudeatzen ditu Unibertsitateak: LOSUren 60. artikuluaren arabera kontratatutako ikerketa, industria jabetza –patenteak– eta hori enpresetara transmititzea, oinarri teknologikoko enpresak sortzea, I+G arloko Europako programetan eta nazioarteko beste programa batzuetan parte hartzea, bai eta sektore sozioekonomikoetan eskaintza zientifiko eta teknologiaren zabalkundea egitea ere.
Zentroak
Ikerketa Zerbitzuak barne hartzen ditu, halaber, ikerketa-egituretako Teknikariak eta Kudeaketako eta Administrazioko eta Zerbitzuetako Langileak, hala nola, Agrobioteknologia Institutua edo Elektronikako eta Komunikazioetako I+Gko Jerónimo de Ayanz Zentroa, baita Ikerketari Laguntzeko Unitate Zientifiko Teknikoa (UCTAI) ere.