El Ministerio de Educación y Ciencia, a través de la ANECA, ha otorgado a dos programas de doctorado de la UPNA la Mención de Excelencia. Se trata del doctorado en Biotecnología y del doctorado en Tecnologías de las Comunicaciones. Con estas menciones, se expresa el reconocimiento a la solvencia científico-técnica y formadora de los programas de doctorado de las universidades españolas, así como la de los grupos de investigación o departamentos que se ocupan de la formación de doctores.

Los programas de Doctorado constan de dos partes diferenciadas: periodo de formación y periodo de investigación. Están dirigidos a la formación de investigadores con un énfasis en la metodología y las técnicas de investigación, que desembocan en la tesis doctoral. Son estudios que pretenden consolidar la diversidad de enfoques y aproximaciones, y el equilibrio entre investigación básica y aplicada, de forma que sea posible una atmosfera intelectual rica, condición necesaria para la calidad de la investigación doctoral.

El doctorado de Biotecnología tiene, entre sus objetivos, formar a los alumnos en las más novedosas y avanzadas aplicaciones de la biotecnología, y prepararlos para el diseño, planificación y evaluación de proyectos de base biotecnológica.

Por su parte, el doctorado en Tecnologías de las comunicaciones prepara al alumnado para que pueda comprender el funcionamiento de los diferentes elementos que componen un sistema de comunicación completo, hasta el punto de que los alumnos sean capaces de realizar propuestas novedosas, proponiendo nuevas configuraciones, aplicando nuevas tecnologías y mejorando las prestaciones de alguno de los elementos de los sistemas de comunicación.