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Javier Marcos obtiene el grado de ingeniero industrial por la ETSIIT de la Universidad Pública de Navarra (UPNA) en abril de 2007, integrándose en esa misma fecha en el grupo de investigación en ingeniería eléctrica, electrónica de potencia y energías renovables (INGEPER) de la UPNA.
Su labor profesional e investigadora comienza con el estudio del comportamiento energético de centrales fotovoltaicas (FV) conectadas a red para poseriormente desarrollar su tesis doctoral sobre la integración de instalaciones FV en la red eléctrica, en el marco de un proyecto financiado por Red Eléctrica de España. Este hecho impulsa una de sus principales líneas de investigación, el estudio de las fluctuaciones de potencia fotovoltaica, su mitigación mediante sistemas de almacenamiento y el desarrollo de nuevas estrategias de gestión de centrales fotovoltaicas. En menor medida ha trabajado también en estabilidad en redes de generación de sistemas embarcados y en el diseño e implantación de microrredes.
Consecuencia de esta experiencia profesional e investigadora, centrada en mayor parte en el campo de la energía solar FV, destacar su participación en 11 proyectos de financiación pública (9 nacionales y 2 europeos), coautor de 25 publicaciones científicas en revistas internacionales, junto a 20 contribuciones a congresos (19 internacionales y 1 nacional), así como 22 proyectos con empresas. Fruto de esta colaboración, ya cuenta en su haber con 5 patentes internacionales.
Su labor docente comienza en marzo de 2011, fecha en la que es contratado por la UPNA, ocupando actualmente el puesto de Titular de Universidad. Desde entonces imparte docencia en asignaturas de grado y máster. Asimismo, es Secretario del Departamento de Ingeniería Eléctrica, Electrónica y Comunicación y responsable del Área de Ingeniería Eléctrica.