Los objetivos específicos del Pilar II de Horizonte Europa son generar conocimiento, intensificar la repercusión de la investigación y la innovación (I+I) en la elaboración y aplicación de las políticas de la Unión, así como en el apoyo a estas políticas, y favorecer el acceso y la adopción de soluciones innovadoras en la industria europea y en la sociedad, para hacer frente a los desafíos mundiales, incluido el cambio climático y los Objetivos de Desarrollo Sostenible (ODS). 

Para maximizar la repercusión, la flexibilidad y las sinergias, las actividades de I+I se organizarán en seis clústeres, que incentivarán individualmente y en conjunto la cooperación interdisciplinar, intersectorial, transversal, transfronteriza e internacional, estando las Ciencias Socioeconómicas y las Humanidades plenamente integradas en todos los clústeres, también con actividades específicas y especializadas.

Las actividades de I+I se llevarán a cabo en el seno de los siguientes clústeres:

1. Salud.
2. Cultura, creatividad y sociedad inclusiva.
3. Seguridad civil para la sociedad.
4. Mundo digital, industria y espacio.
5. Clima, energía y movilidad.
6. Recursos alimentarios, bioeconomía, recursos naturales, agricultura y medio ambiente.

Además, este Pilar incluye las acciones directas no nucleares del Centro Común de Investigación (JRC, por sus siglas en inglés).