Universidad Pública de Navarra



Año Académico: 2024/2025 | Otros años:  2023/2024  |  2022/2023  |  2021/2022  |  2020/2021 
Graduado o Graduada en Biotecnología por la Universidad Pública de Navarra
Código: 506302 Asignatura: BIOINFORMÁTICA
Créditos: 6 Tipo: Obligatoria Curso: 3 Periodo: 1º S
Departamento: Agronomía, Biotecnología y Alimentación
Profesorado:
MURILLO MARTINEZ, JESUS MARIA (Resp)   [Tutorías ]

Partes de este texto:

 

Módulo/Materia

Herramientas biotecnológicas/Técnicas ómicas

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Descripción/Contenidos

Bases de datos biológicos. Formato de datos en bioinformática. Análisis de secuencias de ADN y proteínas. Árboles filogenéticos. Predicción de genes.

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Competencias genéricas

CB3. Que los estudiantes tengan la capacidad de reunir e interpretar datos relevantes (normalmente dentro de su área de estudio) para emitir juicios que incluyan una reflexión sobre temas relevantes de índole social, científica o ética 

 

CB5. Que los estudiantes hayan desarrollado aquellas habilidades de aprendizaje necesarias para emprender estudios posteriores con un alto grado de autonomía 

 

CT5. Capacidad para trabajar por proyectos

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Competencias específicas

CG1. Aplicar la capacidad analítica y de abstracción, la intuición y el pensamiento lógico adquiridos para identificar y analizar problemas complejos y buscar y formular soluciones en un entorno multidisciplinar. 

 

CE13. Utilizar las herramientas informáticas adecuadas para extraer información funcional de datos procedentes de estudios biómicos o de bases de datos públicas.

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Resultados aprendizaje

RA1. Ser capaz de manejar información biológica de bases de datos en los formatos más comunes usados en bioinformática. 

 

RA2. Realizar alineamientos de secuencias de ADN y proteínas y búsquedas de dominios conservados. 

 

RA3. Aplicar las herramientas para generar árboles filogenéticos y ser capaz de interpretarlos.

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Metodología

Metodología - Actividad 

Horas Presenciales 

Horas no presenciales 

A-1 Clases expositivas/participativas 

11 

0 

A-2 Prácticas 

45 

0 

A-4 Realización de trabajos/proyectos en grupo 

 

25 

A-5 Estudio y trabajo autónomo del estudiante 

 

63 

A-6 Tutorías 

0 

2 

A-7 Pruebas de evaluación 

4 

0 

Total 

60 

90 

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Evaluación

 

Resultados de
aprendizaje		 Actividad de
evaluación		 Peso (%) Carácter
recuperable		 Nota mínima
requerida
RA1-RA3  Pruebas escritas de contenidos teóricos y prácticos
 75 Sí 5
RA1-RA3 

Pruebas e informes de trabajo experimental

 20 No -
RA1-RA3  Participación activa  5 No -

 

Nota: Si en alguna de las actividades no se cumpliera el mínimo para ponderar, la nota de la asignatura será como máximo 4,9 sobre 10 (suspenso).

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Temario

Tema 1. Introducción. Definición y alcance de la bioinformática; aplicaciones. 

 

Tema 2. Bases de datos bibliográficas. Principales bases de datos de secuencias. NCBI y GenBank; EBI; KEGG. Tipos de registros. Búsqueda en bases de datos especializadas.

 

Tema 3. Alineamiento de secuencias. Concepto de homología y similitud. Algoritmos de alineamientos de dos secuencias. Alineamiento global y local. Matrices de puntuación. 

 

Tema 4. Búsqueda por similitud en bases de datos: Blast y Fasta. Fundamento y tipos de búsquedas. Parámetros de búsqueda. Algoritmos. Significado estadístico de las búsquedas. Búsqueda avanzada. 

 

Tema 5. Alineamiento múltiple de secuencias. Definición y aproximaciones. Bases de datos de alineamientos múltiples. 

 

Tema 6. Filogenia molecular y evolución. Introducción. Evolución y objetivos de la filogenia molecular. Propiedades y tipos de árboles. Etapas del análisis filogenético; modelos de sustitución. Métodos filogenéticos. Evaluación de filogenias.

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Programa de prácticas experimentales

Práctica 1. Bases de datos 

 

Práctica 2. Alineamientos de secuencias 

 

Práctica 3. Búsqueda de secuencias homólogas: Blast 

 

Práctica 4. Alineamientos múltiples 

 

Práctica 5. Construcción de árboles filogenéticos

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Bibliografía

Acceda a la bibliografía que el profesorado de la asignatura ha solicitado a la Biblioteca.


 

Bibliografía básica:

 

Pevsner, J. 2015. Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd edition. Wiley Blackwell
https://biblioteca.unavarra.es/abnetopac/abnetcl.cgi?TITN=519398

Baxevanis, A.D., G.D. Bader y D.S. Wishart (2020) Bioinformatics, 4th edition. Wiley.

Sebastián, A. y A. Pascual-García (2014) Bioinformática con Ñ. Volumen 1: Principios de bioinformática. Creative Commons BY-NC-SA 4.0.

Disponible gratuitamente en:
https://www.researchgate.net/publication/304827617_Bioinformatica_con_N
https://zenodo.org/communities/bioinfconn/

Capel & Yuste 2017. Manual de Prácticas de bioinformática; Universidad de Almería.
https://biblioteca.unavarra.es/abnetopac/abnetcl.cgi?TITN=492428

Aguado, Valcárcel, Draper & Capa 2014. Métodos y técnicas para el estudio de la filogenia. Editorial Universidad Autónoma de Madrid.
https://biblioteca.unavarra.es/abnetopac/abnetcl.cgi?TITN=469050

 

Bibliografía complementaria:

 

Christensen, H (ed) 2023 Introduction to bioinformatics in Microbiology, SpringerLink
https://biblioteca.unavarra.es/abnetopac/abnetcl.cgi?TITN=5647242

Lesk, AM 2019 Introduction to bioinformatics
https://biblioteca.unavarra.es/abnetopac/abnetcl.cgi?TITN=558093

Shaik et al (eds) 2019. Essentials of Bioinformatics, Volume I: Understanding Bioinformatics: Genes to Proteins. Springer
https://biblioteca.unavarra.es/abnetopac/abnetcl.cgi?TITN=511470

Challa & Neelapu 2019. Phylogenetic Trees: Applications, Construction, and Assessment
En: Essentials of Bioinformatics, Volume III: In Silico Life Sciences: Agriculture. Springer
https://doi.org/10.1007/978-3-030-19318-8_10
https://biblioteca.unavarra.es/abnetopac/abnetcl.cgi?TITN=511470

Atri & Lichtarge 2018. Sequence alignment
En: Bioinformatics: Sequences, Structures, Phylogeny; Springer
https://doi.org/10.1007/978-981-13-156
https://biblioteca.unavarra.es/abnetopac/abnetcl.cgi?TITN=498782

Atri & Lichtarge 2018. Computational Approaches to Studying Molecular Phylogenetics
En: Bioinformatics: Sequences, Structures, Phylogeny; Springer
https://doi.org/10.1007/978-981-13-1562-6_9
https://biblioteca.unavarra.es/abnetopac/abnetcl.cgi?TITN=498782

Ramsden, J 2015 Bioinformatics. An introduction. Springer 
https://biblioteca.unavarra.es/abnetopac/abnetcl.cgi?TITN=456344

Bleidorn, C 2017 Phylogenomics An Introduction. Springer 
https://biblioteca.unavarra.es/abnetopac/abnetcl.cgi?TITN=474468

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Idiomas

Castellano

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Lugar de impartición

Campus Arrosadía. Aulario, aulas informática

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