Universidad Pública de Navarra - Nafarroako Univertsitate Publikoa
Universidad Pública de Navarra
| Código: 506302 | Asignatura: BIOINFORMÁTICA | ||||
| Créditos: 6 | Tipo: Obligatoria | Curso: 3 | Periodo: 1º S | ||
| Departamento: Agronomía, Biotecnología y Alimentación | |||||
| Profesorado: | |||||
| MURILLO MARTINEZ, JESUS (Resp) [Tutorías ] | |||||
Descripción/Contenidos
Bases de datos biológicos. Formato de datos en bioinformática. Análisis de secuencias de ADN y proteínas. Árboles filogenéticos. Predicción de genes.
Competencias genéricas
CB3. Que los estudiantes tengan la capacidad de reunir e interpretar datos relevantes (normalmente dentro de su área de estudio) para emitir juicios que incluyan una reflexión sobre temas relevantes de índole social, científica o ética
CB5. Que los estudiantes hayan desarrollado aquellas habilidades de aprendizaje necesarias para emprender estudios posteriores con un alto grado de autonomía
CT5. Capacidad para trabajar por proyectos
Competencias específicas
CG1. Aplicar la capacidad analítica y de abstracción, la intuición y el pensamiento lógico adquiridos para identificar y analizar problemas complejos y buscar y formular soluciones en un entorno multidisciplinar.
CE13. Utilizar las herramientas informáticas adecuadas para extraer información funcional de datos procedentes de estudios biómicos o de bases de datos públicas.
Resultados aprendizaje
RA1. Ser capaz de manejar información biológica de bases de datos en los formatos más comunes usados en bioinformática.
RA2. Realizar alineamientos de secuencias de ADN y proteínas y búsquedas de dominios conservados.
RA3. Aplicar las herramientas para generar árboles filogenéticos y ser capaz de interpretarlos.
Metodología
|
Metodología - Actividad |
Horas Presenciales |
Horas no presenciales |
|
A-1 Clases expositivas/participativas |
11 |
0 |
|
A-2 Prácticas |
45 |
0 |
|
A-4 Realización de trabajos/proyectos en grupo |
|
25 |
|
A-5 Estudio y trabajo autónomo del estudiante |
|
63 |
|
A-6 Tutorías |
0 |
2 |
|
A-7 Pruebas de evaluación |
4 |
0 |
|
Total |
60 |
90 |
Evaluación
| Resultados de aprendizaje |
Actividad de evaluación |
Peso (%) | Carácter recuperable |
Nota mínima requerida |
|---|---|---|---|---|
| RA1-RA3 | Pruebas escritas | 50 | Sí | 5 |
| RA1-RA3 |
Trabajos e informes |
25 | Sí | - |
| RA1-RA3 | Pruebas e informes de trabajo experimental | 20 | Si | - |
| RA1-RA3 | Participación activa | 5 | No | - |
Nota: Si en alguna de las actividades no se cumpliera el mínimo para ponderar, la nota de la asignatura será como máximo 4,9 sobre 10 (suspenso).
Temario
Tema 1. Introducción. Definición y alcance de la bioinformática; aplicaciones.
Tema 2. Principales bases de datos de secuencias. GenBank y NCBI; EBI; KEGG. Búsqueda en bases de datos especializadas. Bases de datos bibliográficas.
Tema 3. Alineamiento de secuencias. Concepto de homología y similitud. Algoritmos de alineamientos de dos secuencias. Alineamiento global y local. Matrices de puntuación.
Tema 4. Búsqueda por similitud en bases de datos: Blast y Fasta. Fundamento y tipos de búsquedas. Parámetros de búsqueda. Algoritmos. Significado estadístico de las búsquedas. Búsqueda avanzada.
Tema 5. Alineamiento múltiple de secuencias. Definición y aproximaciones. bases de datos de alineamientos múltiples.
Tema 6. Filogenia molecular y evolución. Introducción. Evolución y objetivos de la filogenia molecular. Propiedades y tipos de árboles. Etapas del análisis filogenético; modelos de sustitución. Métodos filogenéticos. Evaluación de filogenias.
Programa de prácticas experimentales
Práctica 1. Bases de datos
Práctica 2. Alineamientos de secuencias
Práctica 3. Búsqueda de secuencias homólogas: Blast
Práctica 4. Alineamientos múltiples
Práctica 5. Construcción de árboles filogenéticos
Bibliografía
Acceda a la bibliografía que el profesorado de la asignatura ha solicitado a la Biblioteca.
Bibliografía básica:
-
Pevsner, J. 2015. Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd edition. Wiley Blackwell
-
Capel & Yuste 2017. Manual de Prácticas de bioinformática; Universidad de Almería.
https://biblioteca.unavarra.es/abnetopac/abnetcl.cgi?TITN=492428 -
Aguado, Valcárcel, Draper & Capa 2014. Métodos y técnicas para el estudio de la filogenia. Editorial Universidad Autónoma de Madrid.
https://biblioteca.unavarra.es/abnetopac/abnetcl.cgi?TITN=469050 -
Sebastián, A. y A. Pascual-García (2014) Bioinformática con Ñ. Volumen 1: Principios de bioinformática. Creative Commons BY-NC-SA 4.0.
https://www.researchgate.net/publication/304827617_Bioinformatica_con_Nhttps://zenodo.org/communities/bioinfconn/
Baxevanis, A.D., G.D. Bader y D.S. Wishart (2020) Bioinformatics, 4th edition. Wiley.
Bibliografía complementaria:
-
Ramsden, J 2015 Bioinformatics. An introduction. Springer
https://biblioteca.unavarra.es/abnetopac/abnetcl.cgi?TITN=456344 -
Bleidorn, C 2017 Phylogenomics An Introduction. Springer
https://biblioteca.unavarra.es/abnetopac/abnetcl.cgi?TITN=474468
-
Dwyer, RA 2003 Genomic Perl : from bioinformatics basics to working code, Cambridge University Press
https://biblioteca.unavarra.es/abnetopac/abnetcl.cgi?TITN=402451