• EN
  • ES


Noticeboard


Friday, June 14, 2019

Weekly Tip IMAB: Integration of expert knowledge in the definition of Swiss pear core collection

Por: Jorge Urrestarazu, Christina Kägi, Andreas Buhlmann, Jennifer Gassmann, Luis Gonzaga Santesteban, Juerg Frey, Markus Kellerhals, and Carlos Miranda

Uno de los principales desafíos a los que se enfrentan los responsables de los bancos de germoplasmas es la necesidad de aumentar la accesibilidad de sus colecciones a un amplio grupo de usuarios potenciales, tales como mejoradores vegetales, genetistas o agricultores. Sin embargo, el gran tamaño de muchos de estos bancos es a menudo una barrera que dificulta realizar una adecuada caracterización y evaluación de las características de las accesiones, lo que limita el uso efectivo que se puede dar al material conservado. Es por ello que desde hace décadas se propone la creación de colecciones núcleo (Core collections, CC), es decir, conjuntos reducidos de accesiones pertenecientes a una colección que representan lo mejor posible el espectro genético de la colección completa. Dado que las CCs tienen un tamaño mucho más reducido, es posible caracterizarlas y evaluarlas de forma mucho más profunda y eficiente.

Las primeras CCs se definían a partir de la información morfológica, eco-geográfica y/o los datos de pasaporte disponibles. Conforme los marcadores moleculares se hicieron más accesibles, la definición de CCs pasó a basarse casi en exclusiva en la información genética, en ocasiones combinada con datos agronómicos. No obstante, con frecuencia se prefiere seleccionar accesiones basándose no sólo en criterios objetivos, sino complementarlos con el conocimiento experto que se tiene de ellas (popularidad, prestigio, papel desempeñado en programas de mejora anteriores, o presentar rasgos fenotípicos de interés). El objetivo de este estudio fue evaluar las implicaciones de enfoques que combinan procedimientos analíticos formales y conocimiento experto sobre la eficiencia de la definición de CCs a través de un estudio de caso para establecer la CC del Inventario Nacional Suizo de Peral. La CC debía maximizar la diversidad genética representada, no superar las 150 accesiones, e incluir obligatoriamente 86 accesiones, consideradas prioritarias y elegidas mediante conocimiento experto. Se evaluó un total de nueve estrategias, que diferían por el tamaño y método de muestreo, así como por el material muestreado (sobre toda la colección o sólo entre las accesiones no prioritarias). Las estrategias mixtas, en las que se combinaba selección analítica y conocimiento experto, proporcionaban CCs representativas del conjunto y con niveles de eficiencia similares a las definidas exclusivamente con criterios analíticos. Por lo tanto, los enfoques mixtos pueden resultar apropiados en la selección de CCs de conservación para colecciones de germoplasma de frutales.

 

Leyenda de la figura:

Gráficos de Minimum Spanning Networks (MSN) realizados a partir de la distancia de Bruvo para todos los genotipos. Se resaltan los genotipos muestreados con una estrategia puramente analítica (a) o con una estrategia mixta integrando conocimiento experto (b). Colores diferentes en la figura indican si el genotipo seleccionado pertenecía o no a la lista prioritaria. Cada nodo de la red representa a un genotipo, el grosor de los enlaces entre nodos es proporcional a la distancia genética entre ellos, mientras que la longitud es arbitraria.



Research Institutes
Jeronimo de Ayanz Building
Public University of Navarre
Campus de Arrosadia 31006 - Pamplona
Tel. +34 948 169512
Contact by E-mail