Juana María Martínez es, desde el  año 1990, profesora del área de Lenguajes y Sistemas Informáticos de La Universidad Pública de Navarra. A lo largo de estos años ha impartido docencia en la Facultad de Ciencias Humanas y Sociales, en la Facultad de Ciencias Económicas y Empresariales, en la Escuela Superior de Ingenieros Industriales y de Telecomunicación y en la Escuela Superior  de Ingenieros Agrónomos.