Universidad Pública de Navarra - Nafarroako Univertsitate Publikoa
Universidad Pública de Navarra
| Código: 247311 | Asignatura: BIOINFORMÁTICA | ||||
| Créditos: 6 | Tipo: Obligatoria | Curso: 3 | Periodo: 2º S | ||
| Departamento: Estadística, Informática y Matemáticas | |||||
| Profesorado: | |||||
| ALDAZ ZARAGUETA, MIGUEL ANGEL (Resp) [Tutorías ] | |||||
Descripción/Contenidos
La asignatura consiste en una introducción teo¿rico-aplicada que presenta los problemas específicos del campo de la Bioinforma¿tica.
Parte teórica: pano¿ramica de problemas más importantes y de técnicas algorítmicas generales aplicadas en su resolución.
Parte aplicada: implementación y experimentación con técnicas y recursos concretos en casos particulares.
Resultados aprendizaje
RA1 Conocer y saber aplicar técnicas de alineamiento de secuencias, predicción de genes, predicción de la expresión génica, alineado estructural de proteínas, predicción de estructura de proteínas e interacciones proteína-proteína.
RA2 Reconocer, identificar y clasificar patrones biomédicos, analizando la similitud de secuencias y grupos de secuencias desde las perspectivas de secuencia, estructura y evolución. Análisis filogenéticos.
RA3 Manejar plataformas de cómputo de altas prestaciones, lenguajes de programación y análisis bioinformáticos.
RA4 Desarrollar aplicaciones informáticas que automaticen procesos bioinformáticos mediante técnicas de computación paralela, distribuida, virtualizada y en la nube.
Metodología
| Actividad formativa | Nº Horas | Presencialidad (%) |
| A1- Clases expositivas/ participativas | 28 | 100 |
| A2. Prácticas | 28 | 100 |
| A4. Realización de trabajos/proyectos en grupo | 42 | 0 |
| A5. Estudio y trabajo autónomo del estudiante | 47 | 0 |
| A6. Tutorías | 1 | 0 |
| A7. Pruebas de evaluación | 4 | 100 |
- TEORÍA: desarrollada en sesiones de 50 + 50 minutos
- Exposicio¿n magistral
- Resolucio¿n de ejercicios y problemas
En MiAulario se podra¿n encontrar todos los documentos con el material explicado en las clases de teori¿a. En cualquier caso, todavía puede ser necesario tomar apuntes de las explicaciones.
- LABORATORIO: sesiones de 110 minutos
- Explicación del problema a resolver y de la técnica de resolución
- En su caso, propuesta de resolución
En MiAulario se podra¿ encontrar el material a emplear en las sesiones de laboratorio.
Evaluación
| Resultados de aprendizaje |
Actividad de evaluación |
Peso (%) | Carácter recuperable |
Nota mínima requerida |
|---|---|---|---|---|
| RA01,RA02,RA03 | E1. Pruebas escritas | 40% | Sí | 20/40 |
| RA01,RA02,RA03,RA04 | E5. Pruebas e informes de trabajo experimental | 50% | Sí | 25/50 |
| RA01,RA02,RA03,RA04 | E6. Participación activa | 10% | No | No |
La evaluación continua de la asignatura se realiza mediante diferentes pruebas e informes de trabajo experimental propuestos durante el semestre. La realización individual o en grupo de la tarea propuesta se indicará en cada trabajo.
Cuando la nota final de la evaluación continua no alcance los 25 puntos sobre 50, el estudiante podrá superar esa parte de evaluación de la asignatura realizando un examen de laboratorio en el periodo de recuperación.
Si la nota del examen o la nota final de la evaluación continua no cumple con la condición de nota mínima requerida, la calificación final de la asignatura será como máximo 4,5 sobre 10 (suspenso).
Temario
Tema 0: Complejidad de algoritmos y problemas
Tema 1: Predicción de estructura secundaria de ARN
Tema 2: Semejanza de secuencias biológicas
Tema 3: Búsqueda en bases de datos de secuencias biológicas
Tema 4: Alineamiento de genoma
Tema 5: Reordenación de genoma
Tema 6: Reconstrucción filogénica
Programa de prácticas experimentales
Sesión 1: coste de algoritmos sobre secuencias
Sesión 2: fundamentos de Programación Dinámica (1)
Sesión 3: fundamentos de Programación Dinámica (y 2)
Sesión 4: algoritmos de predicción de estructura secundaria de ARN (1)
Sesión 5: algoritmos de predicción de estructura secundaria de ARN (y 2)
Sesión 6: algoritmos de alineamiento de secuencias (1)
Sesión 7: algoritmos de alineamiento de secuencias (y 2)
Sesión 8: fundamentos de Programación mediante Restricciones
Sesión 9: aplicación de de Programación mediante Restricciones (1)
Sesión 10: aplicación de de Programación mediante Restricciones (y 2)
Sesión 11: búsquedas en bases de datos de secuencias
Sesión 12: fundamentos de computación distribuida con Spark (1)
Sesión 13: fundamentos de computación distribuida con Spark (y 2)
Sesión 14: trabajo libre en proyecto final
Sesión 15: trabajo libre en proyecto final
La planificación propuesta es susceptible de cambios debidos a festivos y a la propia marcha del curso.
Bibliografía
Acceda a la bibliografía que el profesorado de la asignatura ha solicitado a la Biblioteca.
- Wing-Kin Sung: Algorithms in Bioinformatics, Chapman & Hall/CRC Computational Biology Series, 2010
- N.C. Jones, P.A. Pevzner: An introduction to Bioinformatics Algorithms, Computational Molecular Biology, The MIT Press, 2004.
- D. Gusfield, Integer Linear Programming in Computational and Systems Biology, Cambridge University Press, 2019.
- I. Korf, M. Yandell, J. Bedell: BLAST, an essential guide to the Basic Local Alignment Search Tool, O'Reilly, 2003.