El 14 de mayo de 2008 se constituyó el primer Consejo de Estudiantes - Ikasleen Kontseilua de la Universidad Pública de Navarra. El CEUPNA es el máximo órgano de deliberación, consulta y representación de los estudiantes y está integrado por los miembros claustrales de este colectivo y por los delegados de grupo de grado, máster y doctorado, dependiendo orgánicamente del Vicerrectorado de Estudiantes.

El órgano rector del Consejo de Estudiantes es la Junta Permanente, formada por representantes de todas las facultades y del campus de Tudela, así como la Presidencia, la Secretaría y la Coordinación del Consejo.

Tiene representación en el Consejo de Estudiantes Universitarios del Estado (CEUNE), la Coordinadora de Representantes de Estudiantes de Universidades Públicas (CREUP) y el Consejo de Estudiantes del G9 de Universidades, así como múltiples asociaciones sectoriales de cada ámbito de estudios.

Entre sus competencias, se encuentran canalizar, discutir y proponer iniciativas provenientes de estudiantes, recabar información que afecte a la comunidad universitaria para transmitirla al estudiantado, participar en los procesos de evaluación de los servicios de la universidad y elegir a sus representantes en la Comisión de Calidad y a delegadas y delegados que formarán parte de las Juntas de Centro y de los Consejos de Departamento.