A este Vicerrectorado se encuentran directamente vinculados al Servicio de Investigación, la Oficina de Transferencia de Resultados de Investigación (OTRI Navarra),el Instituto de Agrobiotecnología, la Biblioteca, el Servicio de Apoyo a la Investigación (SAI), la Comisión de Doctorado y la Comisión de Investigación.

Las unidades fundamentales de investigación en la Universidad son los grupos de investigación, recogidos en un Catálogo de Grupos de Investigación, que se actualiza anualmente y es aprobado por el Consejo de Gobierno. Cada grupo está constituido por la libre adscripción de personal investigacdor de uno o varios departamentos que trabaja en líneas de investigación afines.

Las líneas de investigación actualmente en marcha en la Universidad pueden consultarse en el Catálogo de Grupos Investigación y en la Oferta Tecnológica y Científica de la Oficina de Transferencia de Resultados de Investigación OTRI Navarra. La financiación proviene de la propia Universidad y de proyectos de investigación y contratos, apoyados por diversas instituciones y empresas.

La planificación de la actividad investigadora está incluida en el Plan Estratégico de la Universidad. En la Memoria de Investigación, que se publica periódicamente, se recogen los principales resultados de la actividad investigadora, como artículos, tesis doctorales, proyectos de investigación, participaciones en congresos, etc. "