Las áreas estratégicas de investigación, su estructuración en sub-áreas de trabajo y su vinculación con los grupos de investigación son las siguientes:

1. Área de Biotecnología (Biotecnología Agraria, Biotecnología Microbiana, Biotecnología Sanitaria)

Grupos de investigación vinculados

• - Genética y Genómica
• - Protección de Cultivos
• - Agrobiotecnología Vegetal
• - Producción Vegetal
• - Control de la expresión génica

2. Área de Agrobiología Ambiental (Gestión de sistemas agroforestales, Agrobiología y Fisiología Vegetal)

Grupos de investigación vinculados

• - Fisiología Vegetal y Agrobiología
• - Ecología y Medio Ambiente