Ikerketa Errektoreordetzak Unibertsitatean ikerketarekin lotuta egiten diren jarduerak koordinatzen ditu eta ikerketarako bekak, laguntzak, sariak eta proiektuetarako deialdiak, zabalpena eta izapidetza egiten ditu.

Errektoreordetza horrekin zuzenean lotuta daude Ikerketa Emaitzak Bestetaratzeko Bulegoa (Nafarroako OTRI), Agrobioteknologia eta Natura Baliabideen Institutua (IARN), Liburutegia, Ikerketari Laguntzeko Zerbitzua (SAI), Doktoretza Batzordea eta Ikerketa Batzordea. Sailek eta Agrobioteknologia eta Natura Baliabideen Institutua bezalako Ikerketa Zentruek egiten dute ikerketa lana, gehienbat.

Unibertsitateko funtsezko ikerketa unitateak ikerketa taldeak dira, urtero berritzen den Ikerketa Taldeen Katalogo batean biltzen direnak. Talde bakoitza osatzen dute antzeko ikerketa lerroetan ari diren saileko edo sailetako ikertzaileek, izena beren borondatez emanda.

Gaur egun Unibertsitatean abian diren ikerketa lerroak Ikerketa Taldeen Katalogoan eta Nafarroako OTRI Ikerketa Emaitzak Bestetaratzeko Bulegoaren Eskaintza Teknologiko eta Zientifikoan kontsulta daitezke. Finantzaketa Unibertsitatetik bertatik eta hainbat erakundek eta enpresak sustaturiko ikerketa proiektu eta kontratuetatik dator.

Ikerketa jardueraren plangintza Unibertsitatearen Plan Estrategikoan sartzen da. Aldizka argitaratzen den Ikerketaren Oroitidazkian ikerketa jardueraren emaitza nagusiak biltzen dira, esaterako, artikuluak, doktoretza tesiak, ikerketa proiektuak, biltzarretako parte-hartzeak, e.a. "