El gobierno y la administración de la Universidad Pública de Navarra se articulan a través de órganos colegiados y unipersonales de ámbito general y particular.

Entre los primeros se encuentran el Claustro Universitario, el Consejo Social y el Consejo de Gobierno. En el ámbito particular destacan los Consejos de Departamento y las Juntas de Centro.

Pertenecen a los órganos unipersonales los cargos de Rector, Vicerrector, Secretario General y Gerente. Todos ellos componen el Consejo de Direcciónl. Finalmente se encuentran los Directores de Departamento, Decanos y Directores de Escuela, Subdirectores de Departamento, Vicedecanos y Subdirectores de Escuela Universitaria y los Secretarios de Departamento, Facultad y Escuela.